O Instituto de Pesquisa Pelé Pequeno Príncipe é a unidade de pesquisa científica do Complexo Pequeno Príncipe, do qual também fazem parte o Hospital Pequeno Príncipe e as Faculdades Pequeno Príncipe.
Criado em 2005, conta com 15 pesquisadores que desenvolvem atualmente 50 trabalhos científicos voltados a aumentar a cura de doenças complexas de crianças e adolescentes. Os resultados obtidos colocam o instituto na linha de frente da pesquisa científica brasileira e demonstram grande potencial de aplicação geral para saúde infanto-juvenil. Uma das pesquisas, por exemplo, contribuiu diretamente para salvar vidas de portadores de um tipo especifico de câncer; outra possibilitou que ratos paraplégicos voltassem a andar (o que no futuro poderá resultar em benefícios aos seres humanos).
